Der Sekundarstufe I kommt als Bindeglied zwischen der Grundschule und dem allgemeinbildenden oder beruflichen Sekundarschulbereich II (bzw. dem direkten Eintritt in den Arbeitsmarkt) eine entscheidende Bedeutung für den Bildungsverlauf zu. Trotzdem konnten wichtige Fragestellungen noch nicht eindeutig und abschließend geklärt werden, da entsprechende Daten fehlen. Dies betrifft beispielsweise die Wahl der Schulform, Schulformwechsel oder Klassenwiederholungen, aber auch den zentralen Themenkomplex der Bildungswege durch die Sekundarstufe I und den Übergang in die Sekundarstufe II.

An dieser Teilstudie nehmen repräsentativ ausgewählte und teilnahmebereite Schülerinnen und Schüler der Regelschulen sowie Schülerinnen und Schüler einer überrepräsentierten Anzahl Förderschulen mit dem Förderbereich Lernen teil. In den jährlich stattfindenden Erhebungswellen werden die Zielpersonen wiederholt befragt und gebeten, Aufgaben aus verschiedenen Kompetenzbereichen zu bearbeiten. Die erste Erhebung erfolgte im Herbst/Winter 2010 in der Klassenstufe 5. Generell ist vorgesehen, die einzelnen Schülerinnen und Schüler solange innerhalb der ursprünglich besuchten Schule zu begleiten, bis sie diese Schule oder das allgemeinbildende Schulsystem insgesamt verlassen. Danach werden die (dann ggf. ehemaligen) Schülerinnen und Schüler individuell – d. h. außerhalb der Institution Schule – weiterbefragt. Die Einbeziehung von Personen mit einem sonderpädagogischen  Förderbedarf im Bereich Lernen ist dabei eine große Herausforderung, da es sich um eine Schülergruppe mit sehr heterogenen Leistungsprofilen handelt. Die Erhebungen an Förderschulen unterliegen daher einem experimentellen Design. Sie sind Teil einer Serie von Machbarkeitsstudien, in denen empirisch geprüft wird, ob und unter welchen Bedingungen Schülerinnen und Schüler mit einem sonderpädagogischem Förderbedarf Lernen valide und vergleichbar in die längsschnittlichen Erhebungen des NEPS einbezogen werden können. Im Rahmen von Kompetenzerhebungen kommen Aufgaben aus den Bereichen Sprache (Orthografie, Lese- und Hörverstehen im Deutschen, Englisch als Fremdsprache sowie Kenntnisse in der Erstsprache bei Schülerinnen und Schülern mit Migrationshintergrund), Mathematik und Naturwissenschaften zum Einsatz. Darüber hinaus werden die Schülerinnen und Schüler gebeten, Aufgaben zu kognitiven Grundfähigkeiten und Metakompetenzen (ICT-Literacy und Metakognition) zu bearbeiten. Um die Lernumwelten der Schülerinnen und Schüler zu erfassen, werden auch Eltern, Lehrkräfte und Schulleitungen regelmäßig befragt.

Die zentralen Fragen dieser NEPS-Studie thematisieren neben der Entwicklung von Kompetenzen der Schülerinnen und Schüler auch die Bedingungen und Voraussetzungen von Bildungsprozessen, mögliche individuelle Konsequenzen für den weiteren Bildungsverlauf und -erfolg sowie die Einbindung der Schülerinnen und Schüler in soziale Netzwerke. Die Befragungen der Lehrkräfte und Schulleitungen der teilnehmenden Regel- und Förderschulen thematisieren beispielsweise die Klassengröße, die Zusammensetzung der Schülerschaft, die Ausstattung der Schule, aber auch den Unterricht im Allgemeinen.